Każde miejsce pracy musi być bezpieczne dla osób i towarów. Wszyscy pracownicy powinni posiadać odpowiednie narzędzia oraz muszą być przeszkoleni w zakresie ich używania, przepisów BHP oraz zasad udzielania pierwszej pomocy. Wszystkie te zasady dotyczą również pracy w magazynie.
Podstawową sprawą, jeżeli chodzi o bezpieczeństwo w magazynie, oprócz wiedzy i umiejętności pracowników, jest zachowanie porządku. Nie tylko na regałach, ale przede wszystkim na podłodze. Nie może być elementów, o które można się potknąć, a wszystkie przejścia powinny być drożne. Podłoga musi być zawsze czysta i sucha a używany sprzęt bezpieczny i poddawany częstym przeglądom.
Zalecane jest także zastosowanie odpowiednich barierek technicznych, które mają za zadanie chronić maszyny i towary przed uszkodzeniem. Jaskrawe kolory i odblaskowa farba na barierkach ułatwią bezpieczne manewrowanie między nimi.
Bardzo ważne jest też odpowiednie oświetlenie magazynu i zapewnienie należytej wentylacji dostosowanej do warunków panujących w pomieszczeniach. Istotne dla bezpieczeństwa jest również należyte oznaczenie drogi ewakuacyjnej zapewniającej bezpieczne opuszczenie magazynu w razie niebezpieczeństwa.