Jednym z niezwykle istotnych elementów funkcjonowania sklepów online jest logistyka. Obejmuje ona głównie magazynowanie oferowanych towarów, a także ich dostawę do klientów. Od jej sprawnej organizacji zależy w ogromnej mierze zadowolenie konsumentów oraz tempo wzrostu dochodów, co przekłada się bezpośrednio na długofalowy rozwój. Najbardziej rozsądne rozwiązanie to w tym przypadku outsourcing, polegający na nawiązaniu ścisłej współpracy z podmiotem zewnętrznym, którego głównym filarem działalności jest profesjonalna logistyka dla sklepów e-commerce.
Wspomniany outsourcing usług logistycznych posiada mnóstwo wartościowych zalet. Przede wszystkim zdejmuje z właściciela sklepu konieczność wynajmowania drogiego magazynu, zatrudniania dodatkowych pracowników oraz marnowania czasu na pakowanie przesyłek czy obsługę związaną z wszelkimi reklamacjami i zwrotami. Efektem jest optymalizacja działań, a nierzadko też ograniczenie do minimum pomyłek.
Ciekawą alternatywę stanowi tzw. dropshipping, czyli oferowanie na stronie towaru dostępnego w konkretnej hurtowni. Przekazywane jest do niej każde zamówienie – łącznie z zapłatą zmniejszoną o marżę sklepu. Oczywiście to hurtownia jest w pełni odpowiedzialna zarówno za kompleksowe przygotowanie, jak i wysłanie towaru do konsumenta. Całkiem sporą popularnością cieszy się też ponadto opcja „just-in-time”. To nic innego jak udostępnianie na witrynie oferty poszczególnych dostawców i zamawianie towaru dopiero wówczas, gdy ktoś zdecyduje się na jego zakup. Model ten jest efektywny, ale wymaga doskonałej integracji zadań i nowoczesnego oprogramowania. Najdroższym rozwiązaniem jest natomiast dysponowanie własnym magazynem i grupą pracowników (wysokie nakłady finansowe).